Ninjalar bugün Japonyada hala varlığını sürdürüyor. Yaklaşık 200.000 tane var.Ninja örgütü NIN (NINJA Ulusal İstihbaratı) sivil hükümet tarafından kontrol edilmiyor. Seçkin üyeleri gizlice suikast ve sabotaj gerçekleştiriyor. Ancak NINe karşı çıkan bir örgüt var: ONE (Under Ninja). Ninja, Ninjaya karşı: Bu karanlık kavganın arkasında ne var?
