On yedi yıl önce, aksi takdirde Ajin (亜人) olarak bilinen yarı insanlar ortaya çıktı. Bunlar, aksi takdirde ölümcül yaralar aldıktan sonra aniden ölümden dirilen ve kesinlikle öldürülemeyecek gibi görünen insanlardır. Artık dünyada bilinen sadece kırk yedi Ajin var ve bunlar araştırma amaçları için var olan her ulus için son derece değerli bir mal. Bir gün bir kamyon tarafından ezilen, ancak bir Ajin olarak geri dönen Kei Nagai’ye girin. Suçlu arkadaşı Kai dışında tüm arkadaşları, onu teslim ettikleri için bir ödül alma umuduyla hemen ona ihanet eder. Şimdi Kei ve Kai kaçıyorlar ve kendileri de insanlara karşı pek nazik olmayan küçük bir Ajin direniş grubunun izini sürmek zorundalar…
